يعتبر قسم العمليات في مستشفى البرج الاستشاري من أهم الأقسام الطبية حيث يحتوي على 5 غرف عمليات رئيسية، منها غرفة للعمليات غير البسيطة.

يقوم قسم العمليات بإجراء جميع أنواع العمليات الجراحية بما فيها جراحة الصدر وجراحة المخ والأعصاب والأطفال وجميع الجراحات الكبرى ماعدا جراحة القلب المفتوح. 

كذلك يوجد في هذا القسم تجهيزات كاملة لجراحة المناظير والمسالك البولية. كما يحتوي القسم على وحدة للنقاهة.
 
أما بالنسبة لقسم التخدير فهو مجهز بأحدث الأجهزة للتخدير والمراقبة المستمرة للمرض وعلاماته الحيوية خلال العملية، ويشرف على هذا القسم نخبة من الاستشاريين اصحاب كفاءة عالية، وكذلك هناك طاقم تمريض متكامل ومتخصص.